С 1834 по 1840 гг. использовался флаг Соединенных племен Новой Зеландии, который также был основан на флаге Англии. Он имел белый фон, красный крест Св. Георгия посередине и флаг страны-захватчика в левом углу сверху, который также состоял из креста Св. Георгия и четырех красных звезд на синем фоне. Затем вплоть до 1902, время от времени флаг Новой Зеландии полностью заменялся Юнион Джеком, поскольку Великобритания оставалась полноправным правителем на этой земле.
В 1867 г. был принят первый флаг, основанный на английском синем флаге, основанием для чего послужил «Акт о защите колониального флота». Согласно этому нововведению, все судна колонии несли синий флаг, принадлежащий Королевским военно-морским силам, украшенный эмблемой колонии. Но поскольку у Новой Зеландии не было своих эмблем или гербов, на ее флаге просто-напросто установили красные с белой каймой буквы NZ (что означало New Zealand).
А уже в 1869 г. была принята нынешняя версия флага, которая поначалу могла быть использована лишь на правительственных суднах. Но за счет патриотизма, проявленного во время второй бурской войны принятый флаг в 1902 г. постепенно стал национальным. Это вызвало непорядки в связи с использованием разных вариантов флага, а потому стоящие у власти либералы ввели Билль о знамени и кодовых сигналах, который был одобрен королем Эдуардом VII как раз 24 марта 1902 г.
Что же касается символики цветов данного флага, то их значение не отличается от британского варианта, который и является основой. Синий символизирует море (что для Новой Зеландии может быть символом океана), красный – не что иное, как крест Св. Георгия, означающий Англию, а белый косой крест Св. Андрея – это обозначение Шотландии. Косой красный крест Св. Патрика – это символ Северной Ирландии.